GPB 2014年第2期Ribogenomics专刊内容简介
2014年第2期Genomics, Proteomics & Bioinformatics（GPB）为Ribogenomics专刊，由本刊主编于军博士亲自担当Guest editor 。RNA是遗传信息转达历程中的桥梁，可以说生命泉源于RNA，对RNA天下的深入研究，将资助我们更好地明确生物基因组的重大性和生命历程中的相互作用关系，造福人类 。本期大部分为约请来稿，共揭晓文章6篇，包括1篇短评、2篇综述、2篇研究性文章和1篇应用说明 。
RNA在生物爆发分子机制中起主要作用，是生物学研究的主要领域，Ribogenomics就是研究种种RNAs（mRNA; tRNA; rRNA; miRNA; sRNA等）生物学特征的学科，包括研究它们的起源、爆发、结构和功效 。在本刊主编于军博士的指导下，我所吴佳研博士等对近年来的Ribogenomics研究揭晓了简短谈论，依据信息和操作两条线索形貌了RNA在差别条理上的研究情形，十分周全，对初学者和感兴趣职员相识本事域提供了很好的资助，对本事域研究者进一步研究也起到了很好的指导作用 。
植物中的sRNAs是非编码RNAs的主要组成部分，在植物发育、情形应答等多种基本的生物学历程中起调理作用，主要包括miRNAs和siRNAs（ta-siRNAs、ra-siRNAs和nat-siRNAs等），许多sRNAs在基因组中泛起群集漫衍 。王秀杰博士（中科院遗传发育所）等主要就sRNAs群集漫衍的特点和功效举行了综述，不但提供了植物sRNA簇的剖析全图，同时还剖析了其在识别新的功效型sRNAs中的作用，为植物sRNAs研究提供了有力参考 。
RNA-卵白质间的相互作用影响着许多生物学历程，判断RNA团结卵白（RNA-binding proteins, RBPs）的团结位点是此类研究的基础和重点，现在有两种主要的化学交联要领（UV和酶）可用于RNA-RBPs相互作用的全基因组图谱研究 。伊成器博士（北大）等就这两种要领的手艺自己及其应用情形举行了较量，可资助读者更好地相识这两种要领，并希望在此基础上坦荡宽大研究者的思绪，开创研究RNA-RBPs相互作用的新要领 。
骨髓性白血病的爆发被以为与miRNA有关，人们已经对人类急性髓性白血 。╝cute myeloid leukemia, AML）和慢性髓性白血 。╟hronic myeloid leukemia, CML）的几株细胞系的miRNA组学举行了深入研究，发明了一些显著的相关性 。在我所胡松年、偏向东博士的指导下，熊倩、杨亚东等对人类白血病的子类型及爆发生长等情形睁开了进一步的研究，通过对功效的验证，以为某些miRNA可能是指导该类疾病临床诊断、展望和治疗的有用指标 。
自闭症谱系障碍（Autism spectrum disorder, ASD）被以为是由于儿童时期神经系统发育失调导致的障碍，是一种多基因疾病 。研究批注，miRNAs在神经系统爆发、脑发育和分解历程中起主要的调理作用，可通过与保存于目的mRNAs非翻译区（3’untranslated region, 3’UTR）的miRNA识别元件（miRNA recognition elements, MREs）团结来抑制翻译历程，3’UTR的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNPs）对MREs的影响也已有所研究 。Arasambattu Kannan Munirajan博士（印度马德拉斯大学）等以为可能是由于SNPs的爆发扰乱了miRNA介导的基因调控，从而导致了ASD的爆发 。他们团结现有数据库信息，通过盘算学要领验证了该假设，为未来进一步的功效研究提供了颇有价值的理论依据 。
真核生物mRNA选择性剪接（alternative splicing, AS）的改变可影响基因功效的表达或导致疾病的爆发 。随着手艺的前进，高通量RNA测序手艺现在是AS转录组剖析的有力工具，而RT-PCR仍然是外显子拼接水平举行定量剖析的黄金标准要领 。本刊编委Yi Xing博士（加州大学洛杉矶分校）等在团结这两种要领的基础上开发了一种新的软件——PrimerSeq，以用于系统性举行引物设计并提供RNA序列数据及转录注释等的可视化展示 。该程序能在外地盘算机上自力运行，通过填补高通量RNA测序手艺和RT-PCR要领举行AS验证这两种要领间的空缺，很好地资助研究者们提高事情效率，可从http://primerseq.sourceforge.net/免费使用 。
以上文章全文可在GPB主页或ScienceDirect数据库中浏览下载，接待各人阅读、引用 。
另外，GPB将在今年10月出书“Translational Omics”的专刊，由本刊副主编偏向东博士和本刊编委Andreas Keller博士配合担当Guest editors，接待各人起劲投稿，详情请审查本期的Call for paper 。
附：本期目录
Essay
Ribogenomics: the Science and Knowledge of RNA
Review
Endogenous Small RNA Clusters in Plants
Genome-wide Mapping of Cellular Protein?RNA Interactions Enabled by Chemical Crosslinking
Original Research
Characterization of miRNomes in Acute and Chronic Myeloid Leukemia Cell Lines
Mining the 3’UTR of Autism-implicated Genes for SNPs Perturbing MicroRNA Regulation
Application Note
PrimerSeq: Design and Visualization of RT-PCR Primers for Alternative Splicing Using RNA-seq Data
